Biotoets Fusarium laat duidelijk zien welke isolaten ziekteverwekkend zijn

De afgelopen weken is een biotoets uitgevoerd met Fusarium-isolaten verzameld tijdens Uireka-1 (2017-2019). De toets is uitgevoerd op hele uien conform een test zoals eerder beschreven in Engels onderzoek (Tayler et al., 2016). De toets liet heel duidelijk zien welke van de verzamelde Fusarium oxysporum en Fusarium solani isolaten pathogeen (ziekteverwekkend) zijn.

De pathogene en niet-pathogene isolaten worden nu verder gebruikt voor whole genome sequencing (vrij vertaald: het in beeld brengen van de DNA structuur), waarna op zoek kan worden gegaan naar de genetische informatie die maakt dat de stammen ziekteverwekkend zijn voor ui of niet. De vervolgstap is dan het ontwikkelen van detectiemethoden die onderscheid maken tussen ui-pathogenen en niet-pathogenen.

Nieuwe monsters verzamelen

Hoewel Wageningen University & Research dicht is voor bezoekers en studenten, kan er gelukkig nog wel werk worden gedaan. De laboratoria zijn open en de regels vanuit het RIVM worden streng nageleefd. Inmiddels zijn op verschillende onderzoekslocaties in verschillende ui-rotaties voorafgaand aan de teelt de eerste bodemmonsters genomen. Dit wordt tijdens de teelt en aan het einde van de teelt herhaald. De recent genomen monsters zijn koud opgeslagen om later te kunnen gebruiken voor het testen van de detectiemethoden. Ook worden ze gebruikt om gegevens over toe- of afname van de pathogenen in de bodem te kunnen volgen.